C'est la forme ultime du sharingan, largement au dessus des formes précédentes, elle permet d'acquérir une grande puissance et aussi de lancer des sorts de Genjutsu très puissant comme Tsukuyomi où il contrôle le temps; l'espace et la masse, sa victime se fait transpercer le corps par des lames pendant 72h, il y a aussi les Flammes noires qu'il a utilisé pour sortir de l'estomac du crapaud de Jiraiya, celui ci a senti le danger de ces flammes et les a de suite enfermées dans un parchemin. Seul Itachi Uchiha , Kakashi Hatake et un sombre inconnu peuvent utiliser le Mangekyou sharingan. Pour posséder cette forme, il faut avant tout tuer son meilleur ami. Mais le prix pour l'utiliser est lourd car l'utilisateur perd petit a petit la vue